Αμέσως μετά την εισαγωγή τους στη Σχολή, οι νέοι Μαθητές πραγματοποιούν τη βασική τους εκπαίδευση, της οποίας η διάρκεια είναι τρεις (3) εβδομάδες.
Η θεωρητική στρατιωτική εκπαίδευση του συνόλου των μαθητών πραγματοποιείται παράλληλα με την πανεπιστημιακή δραστηριότητα, σε ώρες κατά τις οποίες δεν υπάρχουν πανεπιστημιακές υποχρεώσεις, καθ’ όλη τη διάρκεια του ακαδημαϊκού έτους.
Η εφαρμοσμένη στρατιωτική εκπαίδευση περιλαμβάνει:
> 5ήμερο ημερήσιων και νυχτερινών βολών σε συνδυασμό με την πανεπιστημιακή δραστηριότητα.
> Χειμερινή εκπαίδευση-διαβίωση με τη συμμετοχή των 4 πρώτων τάξεων της Σχολής στην ευρύτερη περιοχή ΡΕΝΤΙΝΑΣ Θεσσαλονίκης για μια εβδομάδα μετά το πέρας της εξεταστικής περιόδου του Φεβρουαρίου.
> Θερινή εκπαίδευση-διαβίωση με τη συμμετοχή των 3 πρώτων τάξεων της Σχολής στην περιοχή ΦΑΡΟΣ ΠΟΣΕΙΔΙΟΥ Χαλκιδικής για τρεις εβδομάδες μετά το πέρας της εξεταστικής περιόδου του Ιουνίου.
Με το τέλος της δραστηριότητας αυτής, ο κύκλος της ετήσιας στρατιωτικής εκπαίδευσης κλείνει και οι μαθητές-τριες αναχωρούν για την καλοκαιρινή τους άδεια.
Με την επιστροφή τους ολοκληρώνεται το εκπαιδευτικό έτος.
Η Σχολή μέσω του Τάγματος Μαθητών παρακολουθεί την εφαρμοσμένη στρατιωτική τους εκπαίδευση και τις επιδόσεις τους.