Η στρατιωτική εκπαίδευση διακρίνεται σε θεωρητική και πρακτική.
Επιπροσθέτως διεξάγονται και ειδικές στρατιωτικές εκπαιδεύσεις – δραστηριότητες.
Η θεωρητική στρατιωτική εκπαίδευση όλων των μαθητών/-τριών πραγματοποιείται παράλληλα με την πανεπιστημιακή δραστηριότητα τους, σε ημέρες και ώρες κατά τις οποίες δεν υπάρχουν ακαδημαϊκές υποχρεώσεις, καθ’ όλη τη διάρκεια του ακαδημαϊκού έτους. Περιλαμβάνει στρατιωτικά μαθήματα και γενικά αντικείμενα με επίκεντρο την απόκτηση βασικών γνώσεων επί θεμάτων στρατιωτικής φύσεως και κανονισμών όπως Στρατιωτική Ιστορία, Στρατιωτικό Ποινικό Δίκαιο, Διοίκηση και Ηγεσία, Στρατιωτικοί Κανονισμοί Λειτουργίας των Ενόπλων Δυνάμεων.
Η πρακτική στρατιωτική εκπαίδευση περιλαμβάνει:
α. Την Βασική Στρατιωτική Εκπαίδευση (ΒΣΕ) που πραγματοποιείται στο σύνολο των νεοεισερχόμενων μαθητών/-τριών κάθε έτος μετά την παρουσίαση τους στην Σχολή, διάρκειας τριών (3) εβδομάδων.
β. Χειμερινή εκπαίδευση – διαβίωση με την συμμετοχή των τεσσάρων πρώτων τάξεων της Σχολής στην ευρύτερη περιοχή της Θεσσαλονίκης για χρονικό διάστημα έως τεσσάρων (4) ημερών μετά το πέρας της εξεταστικής περιόδου του Ιανουαρίου.
γ. Θερινή εκπαίδευση – διαβίωση με την συμμετοχή των τεσσάρων (4) πρώτων τάξεων της Σχολής (πλην αποφοίτων Οικονομικού, Νομικού, Ψυχολογικού, Πληροφορικής) στην περιοχή ΚΑΝΑΠΙΤΣΑ Πιερίας για διάστημα τριών (3) εβδομάδων μετά το πέρας της εξεταστικής περιόδου του Ιουνίου.
Με το πέρας της θερινής εκπαίδευσης, ο κύκλος της ετήσιας στρατιωτικής εκπαίδευσης κλείνει και οι μαθητές/-τριες αναχωρούν για την καλοκαιρινή τους άδεια και ολοκληρώνεται το εκπαιδευτικό έτος.
Οι Ειδικές Στρατιωτικές Εκπαιδεύσεις είναι σε εθελοντική βάση και πέραν των ακαδημαϊκών υποχρεώσεων των μαθητών/-τριών της Σχολής. Περιλαμβάνουν:
α. Σχολείο Παροχής Α΄ Βοηθειών στο Πεδίο της Μάχης (TCCC/FMAC)
β. Θερινός Εκπαιδευτικός Πλους (ΘΕΠ) της Σχολής Ναυτικών Δοκίμων (ΣΝΔ)
γ. Σχολείο Αλεξιπτωτιστών (ΣΧΑΛ)
δ. Λοιπά Σχολεία (Βολές Μάχης Ταχείας Αντίδρασης, Κατοικημένων Τόπων)
Η Σχολή μέσω της Διεύθυνσης οργανώνει, και συντονίζει την στρατιωτική εκπαίδευση των μαθητών/-τριών και παρακολουθεί τις επιδόσεις τους.
